以色列和伊朗宣布停火后，各方高度关注伊朗核设施的损毁程度。当地时间25日，以色列国防军总参谋长扎米尔表示，在过去12天的战斗中，以军已完全实现了此次行动的目标，伊朗核计划遭到系统性损害，这使得伊朗核计划倒退了数年。

伊朗外交部发言人巴加埃同日表示，伊朗核设施在美国的空袭中严重受损，但他并未透露更多细节。当天，伊朗外长阿拉格齐在接受采访时表示，美以两国的袭击实际增强了伊朗推进核计划的决心。同一天，伊朗总统佩泽希齐扬与埃及总统塞西在通电话时一致认为，鉴于当前中东的敏感局势，需推进全面的政治解决方案以促进地区安全。两国领导人重申了重启美国和伊朗核谈判以及建立中东无大规模杀伤性武器区的重要性。

中国现代国际关系研究院中东所副所长秦天分析认为，伊朗在停火后很快释放将继续其核项目、同时将重返谈判桌的信号，是出于国内国外两方面的考虑。对伊朗政府而言，现在的总统佩泽希齐扬是伊朗国内政治结构中的改革派，改革派希望通过与美西方缓和关系、达成伊朗核问题协议来缓解伊朗的经济困难，实现伊朗经济的再次发展。虽然在冲突中伊朗坚持以色列不停手就不返回谈判桌的立场，但在停火后，佩泽希齐扬总统和政府还会决定返回谈判桌，这是伊朗政府基本立场的体现。目前伊朗并没有完全摆脱美国和以色列的军事压力。如果得不到伊朗在伊核谈判上的让步，美国有可能继续对伊朗进行军事打击。在这种情况下，伊朗也希望通过伊核谈判缓解自身压力。