2023年4月15日，苏丹武装部队与苏丹快速支援部队在首都喀土穆多地爆发冲突。冲突迅速蔓延至全国18个州中的15个，导致约2.97万人丧生，超过1285万人流离失所。双方之间的矛盾主要源于政治分歧，特别是快速支援部队对即将被并入陆军的安排不满。

同年5月20日，在沙特阿拉伯和美国的斡旋下，双方代表在沙特吉达签署协议，同意实行短期停火，并就人道主义行动作出安排。然而，停火并未持续太久。5月31日，苏丹武装部队宣布暂停与快速支援部队的对话，理由是对方反复违反停火协议。快速支援部队则反驳称苏丹武装部队才是屡次毁约的一方。由于双方未能落实此前达成的协议，包括建立沟通渠道和从主要城市撤军等内容，12月3日，调解方无限期暂停了双方在吉达进行的谈判。

进入2024年，冲突继续升级。5月10日，苏丹快速支援部队开始围困北达尔富尔州首府法希尔，苏丹武装部队联合地方武装与其展开激烈战斗。7月11日，应联合国邀请，双方在瑞士日内瓦就人道主义援助和保护平民等议题举行非直接对话，但未能达成任何协议。8月14日，由美国主持的新一轮停火对话在日内瓦启动，但苏丹武装部队未派代表团参加。9月26日，苏丹武装部队向喀土穆多个地区发起进攻，标志着大规模军事行动的开始。11月23日，苏丹政府宣布收复中部森纳尔州首府辛贾。

2025年初，苏丹武装部队宣布收复中部杰济拉州首府瓦德迈达尼。2月8日，苏丹主权委员会主席兼武装部队总司令布尔汉宣布将组建一个“看守政府”或“战时政府”，以完成过渡任务并协助清除叛乱分子。2月22日，苏丹快速支援部队及其同盟政治力量在肯尼亚内罗毕签署“创始宪章”，为在控制地区组建“和平与团结政府”铺平道路，但苏丹外交部长表示拒绝承认所谓的“平行政府”。

3月21日，苏丹武装部队宣布完全控制位于喀土穆市中心的总统府。次日，又宣布控制国家情报局总部、苏丹银行等多个重要地点。3月26日，苏丹武装部队宣布控制喀土穆国际机场及快速支援部队在南部的主要据点。3月29日，布尔汉发表电视讲话，强调苏丹武装部队“不原谅、不妥协、不谈判”，结束战争的路径明确：要么快速支援部队放下武器，要么继续战斗。3月30日，快速支援部队领导人达加洛承认其部队已撤出喀土穆市，重新部署在恩图曼市。